La Saxifrage à trois doigts se retrouve un peu partout. Elle affectionne les terrains secs. Elle pousse dans les zones dénudées, les falaises rocheuses, les pelouses rases, mais aussi en ville sur les trottoirs et les vieux murs. Il fleurit d'avril à mai, de préférence sur calcaire et colonise pelouses sèches, dalles rocheuses des pelouses, vieux murs et alluvions sableuses. Il est très difficile pour elle de perdurer au delà du mois de mai à cause des chaleur estivales qui ne leur sont pas favorables.