Le moyen le plus efficace pour traiter la rouille noire du tournesol est l’utilisation des cultivars résistants. Certains fongicides ont montré leur efficacité dans le traitement de cette maladie. Il s’agit des fongicides du groupe des estrobilurines et des triazoles. Les mesures complémentaires consistent à avancer la date de semis et d’utiliser les hybrides à court terme.