La tolérance variétale est largement employée et constitue un moyen de lutte efficace au travers des variétés résistantes, très peu sensibles ou peu sensibles au phomopsis. Les variétés résistantes peuvent être cultivées dans toutes les régions, sans traitement fongicide. Les variétés peu sensibles et très peu sensibles sont également utilisables en toutes régions. Elles pourront nécessiter un traitement fongicide en végétation, selon le risque régional, les caractéristiques de votre parcelle et le contexte de l'année. Quelle que soit la région, éviter les variétés sensibles et très sensibles : elles font prendre trop de risques et peuvent être à l’origine de nouveaux foyers de contamination pour le secteur alentour. Opter pour des variétés résistantes ou très peu sensibles dans les régions où de fortes attaques sont régulièrement observées,. Les variétés peu sensibles sont conseillées uniquement chez les producteurs prêts à traiter si nécessaire.