Etant donné que les taches foliaires apparaissent lors de la survenue des maladies cryptogamiques, les agents pathogènes sont donc les champignons responsables de ces différentes pathologies. Certains de ces agents pathogènes sont toutefois spécifiques à des espèces végétales données. Par exemple lorsque les chênes sont affectées par les taches foliaires, c'est généralement le fait de Discula quercina. Les betteraves en sont atteintes sous l'effet de Ramularia beticola alors que le muflier en souffre lorsque Phyllosticta antirrhini entre en action.