Un certain nombre de fongicides sont très efficaces contre la rouille de la tige et ont été utilisés pour lutter efficacement contre la maladie. Des fongicides essentiellement azolés tels que le tébuconazole, le cyproconazole, le fluquinconazole, le prothioconazole et le triadiménol sont utilisés pour lutter efficacement contre la rouille noire. En outre, les strobilurines telles que la trifloxystrobine et la fluoxastrobine offrent un bon potentiel pour lutter contre la rouille des céréales. Les fongicides à base d'amine tels que la spiroxamine constituent un troisième groupe de fongicides disponibles pour lutter contre la rouille.